化粪池的入水口应比出水口高，这样设计的目的是为了避免化粪池里的粪便及污水倒灌。通常情况下，入水口应比出水口至少高出30厘米左右。

吉林市玻璃钢化粪池的入出水口高度也不一样，一般高度差也会有5-10厘米左右。为了避免污水倒灌，玻璃钢化粪池隔舱板采取上下错空，直流反水转变为环流返回，从而截留大量的污质。

化粪池是利用沉淀和厌氧发酵的原理，清除生活污水中悬浮性有机物的处理设施，属于初级的过渡性生活处理建筑。简单概括化粪池的工作原理便是沉淀——过滤——重复厌氧发酵及好氧发酵——沉淀——过滤——外排。